제작사 : 코지마 프로덕션 등급 : 플렛폼: 플레이스테이션 발매일 : 2006.12.05 장르 : 액션 홈페이지 : https://www.konami.com/games/jp/ja/
배경은 메탈기어 솔리드 3에서 6년이 지난 1970년 11월. 스네이크 이터 작전 이후 FOX를 제대하여 민간인으로서 평범한 삶을 보내고 있던 네이키드 스네이크는 의문의 조직에게 납치당한다. 독방에서 깨어난 스네이크의 앞에 특수부대 FOX의 포로심문관 커닝햄 중위가 나타나 질문을 던진다.
"유산은 어디에 있나?"
스네이크가 끌려온 곳은 남미 북부, 콜롬비아 영토 내에 존재하는 "사자(死者)의 반도" 산 히에로니모. 특수부대 FOX는 소련 영토인 이곳을 점거하고 소련에 핵 공격을 시도하려고 하고 있다. 스네이크는 소련 영토를 대상으로 한 핵공격과 그로 인해 발발할 3차 세계대전을 막기 위해 현지에 투입되었던 그린베레의 생존자 로이 캠벨과 함께 반란군을 조직하는데…