제작사 :  코지마 프로덕션
등급 : 청불
플렛폼: PC게임,플레이스테이션,엑스박스
발매일 : 2014.03.20
장르 : 액션
홈페이지 : https://www.konami.com/games/jp/ja/

냉전의 긴장 완화가 진행되어 베트남 전쟁도 종결을 맞이한 1975년. 카리브해 연안에 숨겨진 어느 국가에도 속하지 않은 군대가 있었다. 그 군대의 지휘관, 통칭 "스네이크"는 세계 각국에서 공개적으로 할 수 없는 임무를 뒤에서 수행하며 병력을 증강하였고 결국 핵무기를 보유하기에 이른다. 하지만 어디에서 그 정보가 누설됐는지, IAEA(국제 원자력기구)는 그들에 대해 핵 사찰을 제의했고 NPT(핵 확산 금지 조약)에 가입은 커녕 국가조차 없던 그들은 IAEA의 제안을 한번 무시하지만, 휴이가 독단으로 사찰 제의를 받아들여 급하게 사찰을 받을 준비를 한다.
 
한편 스네이크와 싸운 후 생사 불명이었던 여성 공작원 파스가 살아있고, 쿠바 남단에 설치된 미군 기지에서 심문을 받고 있다는 사실이 알려진다. 기지가 있는 곳은 조차지로 쿠바와 미국, 양쪽 나라의 법은 통용되지 않는 곳. 그녀가 심문으로 힘든 지경에 처해 있다는 사실을 알게 된 치코는 무모하게 파스의 구출을 위해 혼자 미군 기지로 향한다. 하지만 곧 사로잡히게 될 위기에 처하자 스네이크에게 도움을 요청하는 무전을 날린다. 마더 베이스가 핵 사찰을 받게 될 위기 속에 스네이크는 파스와 치코를 구출하기 위해 쿠바로 향한다.
 
하지만 그것은 이후의 스네이크의 운명을 결정지을 참화의 발단이었다.