백일하에 드러난 나츠메의 진짜 모습. ‘약속을 나누었던 남자아이’는 나츠메가 아니라 하루토라―. 진실을 안 쿄코는 하루토라와 나츠메를 계속 피하고 있었다. 한편 셰이버와 싸운 후로 하루토라는 주력을 억제하지 못하고 불안정한 상태에 빠져 있었다.
여러 불안 요소를 품은 하루토라와 친구들. 그런 와중에 누군가가 츠치미카도 종가를 습격하는 사건이 일어난다. 동요하는 나츠메의 앞에 나타난 것은 붉은 머리의 소녀, 타키코였다.
“내가 각성시키겠어. ―야코우의 환생을.”
운명의 톱니바퀴는 삐걱거리며 돌아가기 시작한다.
되돌아갈 수 없는, 미래를 향해―.