주인공 강현준 대위는 자신이 기억하지도 못하는 와중에 오인사격을 일으켜 군사법정에서 유죄판결을 받고 군 교도소에서 복역 중이던 바른 생활 사나이(…). 하루하루를 실의에 빠져 지내던 그에게 어느날 누군가가 구원의 손길을 내민다. 정보사령부 특임전대 나이트메어 전대장 리원(李文) 대령이 사면복권을 대가로 신형 정보수집함 EFS 엑스마키나의 부함장 자리에 착임할 것을 요구한 것. 강현준 대위는 망설임 없이 그 제안을 수락한다. 그러나 말짱한 동앗줄인줄 알고 얼씨구나 잡았던 그 동앗줄은 사실 반쯤 썩은 동앗줄이었다. 함장 류신혜 소령은 끽해야 중학생으로밖에 안 보이는 로리 미소녀 여왕님에 상급자 우습게 알기를 더글러스 맥아더처럼 하는 사람이고, 의무관 후지와라 나기사 중위도 겉보기엔 조용하고 청순가련한 미녀지만, 사실 잔교에 해병 대신 범 인형을 세워놓는, 함장에 버금가는 괴이한 사람인 것. 참고로, 이 둘이 EFS 엑스마키나의 승무원 전부다(…). 게다가 이 특이한 사람들은 얼마 전까지만 해도 FM 군인이었던 강현준 대위로서는 도저히 받아들일 수 없는 상식 외의 돌출행동을 밥먹듯이 일으킨다(…). 덕분에 강현준 대위가 만성 두통에 시달리는 가운데 드디어 EFS 엑스마키나의 최초 실전임무가 하달되고, 함은 우주로 첫항해를 나서게 되는데(…).