시대는 지금으로부터 먼 미래인 2508년. 지구로부터 멀리 떨어진 우주를 항해하고 있던 한 우주선은 허름한 한 대의 작은 우주선을 발견한다. 그 우주선에는 빈사 상태에 이른 한 명의 남성-CEC 소속 엔지니어이자, 이지스 Ⅶ, 이시무라 호 참사의 유일한 생존자- 아이작 클라크가 타고 있었다. 그를 발견한 정부는 사건의 전모를 알게 되었고, 인류는 위대한 우주선 이시무라 호의 몰락과 천 명이 넘는 사람들이 먼 우주에서 목숨을 잃었다는 사실을 진심으로 비통해 한다.
그러나 그 사건이 네크로모프라는 기괴한 괴물에 의해 일어났다는 사실은 아이작을 비롯한 극히 일부의 사람만이 알고 있었다. 그 참사의 진실은 감추어지고, 테러리스트들에 의해 일어났다는 거짓으로 뒤바뀌어 대중들에게 공표된다.
그로부터 3년이 지난 2511년 2월 토성의 위성-타이탄에 세워진 스프로울에서 끔찍한 사건이 일어난다. 바로 네크로모프의 감염이 시작된 것이었다. 그와 동시에 오랜 세월 동안 혼수 상태에 빠져 있었던 생존자 아이작 클라크는 눈을 뜨게 되고 3년 전 이시무라 호에서 자신이네크로모프가 체험한 재앙을 다시금 목격하게일으키게 된다.
그를 잠식해가는 광기, 애매모호해져가는 현실과 비현실의 경계, 그를 끊임없이 괴롭히는 연인의 환영, 그를 '사냥'하려는 정부, 그리고 무시무시한 네크로모프들아이작과 끊임없이 싸우며, 아이작 클라크네크로모프는 다시금 지옥 속으로 발을 내딛게 된다.
