록맨 제로 시리즈의 마지막 작품. 개발사는 인티 크리에이츠, 유통사는 캡콤.
바일의 압정으로 네오 아르카디아는 혼란 상태에 빠졌다. 자신을 거역하는 자들을 용서하지 않는 바일은 한층 더 전투부대를 강화하여 치안에 배치했다. 인간과 레플리로이드는 바일의 지배를 받아들이거나, 황야로 도망치는 길을 고를 수 밖에 없는 신세가 되었다. 제로와 레지스탕스는 무사히 황야로 도망쳐나온 사람들과 레플리로이드를 네오 아르카디아로부터 구하기 위해 각지에서 전투를 계속하고 있었다. 어느 날, 레플리로이드에게 습격받고 있던 캐러밴을 도와줬다. 캐러밴의 리더 네쥬는 에리어 제로에 있는 인간만의 군락으로 가고 있다는 걸 말해준다. 그 무렵 네오 아르카디아는 새로운 작전을 실행에 옮기려 하고 있었다…….