록맨 제로 시리즈의 세 번째 작품. 개발사는 인티 크리에이츠, 유통사는 캡콤.
다크 엘프의 악몽도 사라지고 네오 아르카디아의 공격도 가라앉고 있던 어느 날, 거대한 전함이 설원에 떨어졌다는 정보가 레지스탕스에 들어왔다. 그 현장에서 다크엘프와 똑같은 강력한 에너지 반응이 있다는 걸 안 시엘은 제로와 레지스탕스 동료와 함께 조사에 나섰다. 한편, 네오 아르카디아에서는 통치의 상징이었던 엑스(카피)가 제로에게 죽었을 때, 인간들이 동요할 것을 두려워하여 그 사실은 은폐되었다. 겉으로는 아무것도 변하지 않은 평화를 유지하며, 하르퓨이아가 엑스의 대행을 맡아 실제 지휘를 하고 있었지만……. 새롭게 나타난 수수께끼의 적 바일과 그의 8명의 부하 '바일 8심관 - 바일 넘버즈'. 그들은 평소에 인간 모습을 취하고, 엑스 부활 후 새롭게 놓인 '네오 아르카디아 중앙 평의회'의 이사로서 바일을 보좌하고 있다. 허나, 그것은 어디까지나 가짜 모습. 바일에게 맞서는 자만이 그 진정한 모습을 알게 된다…….