록맨 제로 시리즈의 두 번째 작품. 개발사는 인티 크리에이츠, 유통사는 캡콤.
전작의 1년이 지난 후가 배경으로, 레지스탕스의 퇴각을 위해 네오 아르카디아의 미끼가 되어 도망치는 생활 중이던 제로가 복귀한 이후 벌어지는 사건을 다루고 있다.
시엘에 의해 부활한 제로의 활약으로 네오 아르카디아를 통치하던 카피 엑스는 쓰러졌다. 전멸 위기에 놓였던 시엘과 레지스탕스들은 그 때를 틈타 탈출하여 네오 아르카디아의 힘이 미치지 않는 토지로 도망칠 계획을 세운다. 제로는 시엘과 레지스탕스들이 도망칠 수 있도록 자기 자신을 미끼로 삼아 네오 아르카디아를 유인했다. 그 덕택에 시엘과 레지스탕스 동료들은 네오 아르카디아의 추적을 피하는 데 성공하고, 체제를 재정비할 수 있었지만…… 제로와 따로 떨어지고 말았다. 그로부터 1년…… 제로를 걱정하면서도 시엘은 동료를 지키기 위해 필사적으로 일했고, 마침내 새로운 레지스탕스 베이스를 건설하기에 이르렀다. 하지만 그 무렵 제로는…….