링크는 대고원에서 노인에게 페러글라이더를 받고 카카리코 마을로 향하고, 100년 전의 이야기를 임파에게 전해듣는다. 임파의 말에 따라 4개의 신수의 정화를 위해 먼 길을 떠나게 되고, 길을 따라 이동하며 자신의 기억을 총 13곳에서 발견하게 된다.
그 와중에도 가논을 물리치기 위해 겔드 사막에서 낙타 신수 바 나보리스, 리토 마을에서 새 신수 바 메도, 조라 마을에서 코끼리 신수 바 루타, 데스마운틴에서 도마뱀 신수 바 루다니아까지 전부 정화에 성공한다. 이 신수들의 해방과 함께 내부에 갇혀있던 번개의 커스 가논, 바람의 커스 가논, 물의 커스 가논, 불의 커스 가논까지 물리치는 데 성공하며 이를 통해 가논의 사념들 속에 갇혀 있던 영걸들의 혼을 해방한다.
4개의 신수와 영걸들을 해방하고 링크는 하이랄 성으로 떠나, 생텀에서 젤다가 묶어두던 가논과의 1대1 대전을 시작한다. 이때 하이랄 성을 겨냥하던 4개의 신수의 총공격이 퍼부어지고, 가논은 힘을 크게 잃은 상태에서 1대1로 링크와 대결을 진행한다. 하지만 퇴마의 검, 마스터 소드의 힘 앞에서 가논은 무력했고, 가논은 결국 마지막 발악으로 마수 가논의 모습으로 돌아온다. 이때 링크는 말을 타고 젤다가 건네준 빛의 활로 가논을 진정으로 처치한다. 이후 하이랄 성은 본래의 모습으로 돌아오고, 깨어난 젤다와 링크는 조용히 하이랄 재건을 위해 힘을 모은다.
