2002년 게임큐브용으로 발매된 메트로이드 프라임 시리즈의 첫 작품. 기존 2D 시리즈의 제작사인 닌텐도 R&D 1팀이 아니라 미국 텍사스주에 위치한 웬 듣보잡 신규 제작사였던 레트로 스튜디오가 제작하고 슈퍼 메트로이드의 디렉터 사카모토 요시오와 닌텐도 EAD1이 협력과 감수를 맡아 완성하였다. 닌텐도의 공동 투자를 통해 1998년 설립된 신생 게임사 레트로 스튜디오는 당시 닌텐도의 세컨드 파티로서 게임큐브용 게임 4편을 동시에 제작 중이었으나 개발지옥에 빠져 4편 모두 진전이 없던 상태에서 2000년, 관리 감독차 레트로 스튜디오를 방문했던 미야모토 시게루는 당시 개발 중이던 액션 어드벤처 전용의 신형 게임 엔진을 제외한 나머지 타이틀들을 전부 혹평했고 그 와중에 남아있던 게임 엔진의 가능성을 눈여겨본 미야모토는 메트로이드 시리즈의 신작을 레트로에게 맡기기로 결정하였다. 그 결과, 메트로이드 시리즈 신작을 제외한 나머지 타이틀의 개발은 전부 취소되었고 레트로 스튜디오는 메트로이드 신작의 개발에 회사의 모든 자원을 쏟아부었다. 개발 초창기에는 3인칭 시점으로 계획되었지만 개발에 난항을 겪자 처음으로 메트로이드 시리즈의 프로듀서로 참여한 미야모토 시게루의 밥상 뒤집기가 시전되어 그의 충고를 수용해 시점을 1인칭으로 전환하면서부터 제작에 탄력이 붙었다. 그러나 이런 문제들은 발매 전까지 시리즈 팬들에게 많은 우려를 받았다. FPS가 아닌 FPA(First person Action Adventure)라고 하는 장르명에서 알 수 있듯이 1인칭이 베이스지만 슈터보다는 어드벤처성을 강조하였다. 시리즈 특유의 비선형적인 레벨 디자인으로 인해 수시로 3D 맵을 체크해야하는 길찾기, 모프 볼 퍼즐, 속성 무기, 독특한 플랫폼 액션, 꼼꼼하게 배치된 성장 요소등 이전 시리즈의 요소를 효과적으로 3D화시켰을 뿐만 아니라 바이져 시스템과 1인칭 시점의 HUD의 독특한 디자인 등등 프라임만의 독특한 특징까지 더해져 완성된 명작 액션 어드벤처이다. 메트로베니아 장르를 어떻게 성공적으로 3D화할 것인가에 대한 닌텐도의 대답인 셈.