세계를 반으로 나눈 격렬한 전쟁의 종결에서 10년 정도가 지난 전후세계 팔가이아. 수십년에 걸친 격렬한 전쟁은 별의 환경을 상처입히고 피폐하게 했다. 전쟁의 상처는 각지에 지금도 남아있으며 사람들의 마음마저 상처입혔다. 또, 국가나 정부 등 전후세계를 이끌 통치기구도 없어 대전에서 사용되었다가 살아남은 생물병기나 환경의 급변으로 탄생한 몬스터가 돌아다니는 위험한 세계가 되었다. 거기에 사람들은 집락단위로 결속해 소규모의 자치체를 형성해 끈질기게 살아나가고 있다.
어느 마을에 사는 13세의 소년 쥬드 매버릭은 그런 전쟁의 존재도 모른 채 모친과 함께 평화롭게 살고 있었다. 하지만 어느 날 수수께끼의 군용기가 마을 근처에 착륙했고 그곳에 숨어든 쥬드는 태어나서 처음으로 비슷한 또래의 소녀와 만나 그녀를 지켜줄 것을 약속하고, 동료들과 함께 지금까지 몰랐던 세계의 비밀과 자신의 비밀을 알아가며 쥬드의 운명은 크게 변화해 간다.